Das Quellgebiet des Malzbaches liegt auf der Wasserscheide zwischen den Einzugsgebieten der Saale und der Weißen Elster und hat damit das Potenzial für eine verbindende Funktion zwischen den Lebensräumen beider Einzugsgebiete. Der Malzbach mündet in die Rauda, die einen Kernabschnitt im Verbund der Thüringer Feucht- und Fließgewässerräume darstellt. Der Malzbach hingegen wird im Fließgewässerverbund hinsichtlich der Gewässerstruktur, des ökologischen Zustands und des Arteninventars mit hohem Entwicklungsbedarf eingestuft.
Die Stadt Eisenberg hat an einem von Kleingärten durchzogenen Abschnitt des Malzbachs Flächen für eine Renaturierung zur Verfügung gestellt. Es besteht eine Teilnahmebereitschaft der lokalen Akteure, sodass die Wahrscheinlichkeit zur Umsetzung habitataufwertender Maßnahmen hoch ist.